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目前对未分化结缔组织病病因的研究并不明确，相关研究较少，一些研究者认为，部分该病患者可能是系统性红斑狼疮或者是系统性硬化症的早期阶段，因此其病因应与这两种疾病相同。研究提示本病的发生可能是一些环境因素，长期接触化学试剂等作用于易感个体的结果，其发病过程中、环境和遗传因素均占有十分重要的地位。
国外有研究表明化学试剂，美容产品，药物，橡胶制品，油漆及燃料等与该病的发病显著相关，接触油漆，清洗剂，松节油等，也可能与该病的发病有关。