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核孔复合体并非单纯的空洞，而是一个复杂而有规律的盘状结构体系。主要由以下部分组成：（1）朝向胞质面与外核膜相连的胞质环，其上对称分布着8条纤维 （2）朝向核基质与内核膜相连的核质环，其上亦对称分布着8条纤维，末端交汇成篮网样结构 （3）核孔中央跨膜糖蛋白组成的中央栓，有助于核孔复合体瞄定于核膜上 （4）环形成分向中央伸出8个圆锥状的辐，呈辐射状对称，可把胞质环、核质环、中央栓连接在一起