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在制造干酪的过程中，用来使干酪发酵与成熟的特定微生物培养物成为干酪发酵剂。干酪发酵剂可分为细菌发酵剂与霉菌发酵剂两大类。 （1）细菌发酵剂主要以乳酸菌为主，应用的主要目的在于产酸和产生相应的风味物质。其中主要有乳酸链球菌、乳油链球菌、干酪杆菌、丁二酮链球菌、嗜酸乳杆菌、保加利亚乳杆菌以及嗜柠檬酸明串珠菌等。有时，为了使干酪形成特有的组织状态，还要使用丙酸菌。 （2）霉菌发酵剂主要是用对脂肪分解强的卡门培尔青霉、干酪青霉、娄地青霉等。某些酵母如解脂假丝酵母等在一些品种的干酪中得到应用。