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1953年建别口乡，1954年1月由合川县划入潼南县。
1958年改公社，1984年复置乡。
1997年，面积30.7平方千米，人口1.3万，辖金仙、王湾、高岩、杨坝、飞凤、山坝、科郎、官斗、花坡9个行政村。2006年区划调整后，别口乡管辖原别口乡及原龙项乡花院村、老君村所属行政区域，面积41.34平方千米，乡政府驻别口沱（原址）。2011年撤乡设镇。