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急性肾盂肾炎感染的细菌主要来自尿路上行感染，当用于各种细菌检查或者经尿道手术时细菌可由体外带入，经尿道上行感染但更常见的是一经会阴部的肠道细菌经尿道膀胱输卵管至肾脏，尿路梗阻和尿路停滞是急性肾盂肾炎最常见的病因，尿路在梗阻以上部位扩张和积液，有利于细菌繁殖引起肾盂肾炎，肾盂肾炎经常是由格兰仕阴性菌，约占70%以上，其中大肠杆菌最为常见的。