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①.细胞内消化：在高等动物细胞中，一些大分子物质通过内吞作用进入细胞，如内吞低密脂蛋白获得胆固醇；在单细胞真核生物中，溶酶体的消化作用就更为重要了。 ②.细胞凋亡：溶酶体可清除，凋亡细胞形成的凋亡小体 ③.自体吞噬：清除细胞中无用的生物大分子，衰老的细胞器等。 ④.防御作用：如巨噬细胞可吞入病原体，在溶酶体中将病原体杀死和降解。 ⑤.参与分泌过程的调节，如将甲状腺球蛋白降解成有活性的甲状腺素。 ⑥.形成精子的顶体。