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慈云寺是一座布局完整，规模宏大，气势雄伟，保存完好的古代建筑群。其建筑结构严谨，斗栱华丽精致，琉璃饰件绚丽多彩，代表了明代建筑艺术的较高水平，特别是前院圆形钟、鼓二楼上下两层皆置五铺作双抄斗栱，用材较大，手法简炼，有明显的元代建筑特征，其圆攒尖顶的建筑特征和风格，在国内现存的元明两代钟鼓楼中极为罕见。
毗卢殿内有两座木质壁藏楼阁，是明代小木作中的佳品。