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西汉元鼎六年（公元前111年）设高要县，梁天监六年（公元507年）置高要郡，1993年9月28日撤县设市（县级）。
2015年，国务院关于同意广东省调整肇庆市部分行政区划的批复（国函〔2015〕76号）。同意撤销高要市，设立肇庆市高要区，以原高要市的行政区域为高要区的行政区域，高要区人民政府驻南岸街道府前大街25号。
高要县城曾是郡、州、府、路、专区治所，广州都督府、两广总督府、南明永历王朝、中华民国军务院驻地，1988年迁往南岸镇。