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清领时期此地属“官佃庄”，日治时代1920年改称为“官田庄”，属台南州曾文郡管辖，庄役场位于官田（后之官田村）。战后改为台南县官田乡，1953年将乡治由官田村迁往隆田村（旧名番子田）。2010年12月25日改称官田区。
官田区较之其他行政区的独特之处，在于其难得地拥有丰厚的史前文化，在三千年前即有人类活动的区域，却是近一百年才于日治时代确立了今日官田区的疆域。官田区的区政虽年轻，人民与土地的历史却可溯源甚古。